Si bien este templo comenzó su construcción hacia el año 1857, en pleno siglo XIX, su historia se remonta a tiempos de la colonia, donde el gobernador de la época, Marín de Poveda, da las instrucciones para construir una ermita, llamada de San Miguel, por el año 1699.
Su sucesor se encargó de engalanarla lujosamente, pero por lo peligroso del barrio donde se ubicaba, esta quedó abandonada, hasta que fue donada a la orden Mercedaria, la cual se hizo cargo del lugar construyendo, posteriormente al lado de la ermita, su convento y una escuela.
Esta construcción fue testigo de la entrada triunfal del general Manuel Bulnes tras haber salido victorioso en la Batalla de Yungay del año 1839, que, para este efecto, se construyó un arco de triunfo por el cual el grupo vencedor pasó ante el feliz recibimiento de la ciudadanía.
En el año 1857 se decidió erigir un templo en el sector donde se ubicaba la ermita de San Miguel. Así, se le encargó al arquitecto Francisco Stolf la construcción del templo mayor a un costado de la antigua ermita, pero las obras quedaron paralizadas por un prolongado período de tiempo. Una vez retomadas, el templo pudo ser construido y terminado en el año 1883, 26 años después de haber sido colocada la primera piedra, y llamándosele La Gratitud Nacional para conmemorar el triunfo chilenos en la Guerra del Pacífico y rendir homenaje a los soldados caídos en servicio a la patria.
En 1879, monseñor Ramón Ángel Jara compró los terrenos de la antigua y colonial ermita, a un costado del templo que estaba en construcción y edificó una capilla – mausoleo con el fin de poder resguardar los restos de los compatriotas abatidos en la guerra del Pacífico, elevados a la categoría de Héroes de la Patria.
